常規項目：大腸桿菌、大腸埃希氏菌、菌落總數、酵母和霉菌數量、綠膿桿菌、李斯特氏菌、沙門氏菌、霍亂弧菌、阪崎腸桿菌、志賀氏菌、溶血性鏈球菌、商業無菌、金黃色葡萄球菌、產氣莢膜梭菌、無菌測試、微生物限量、腸道球菌數、下菌落總數、菌落總數、大腸菌群、大腸桿菌、霉菌、酵母菌等；

致病菌：沙門氏菌、單核增生李斯特氏菌、志賀氏菌、金黃色葡萄球菌、副溶血性弧菌、霍亂弧菌、創傷弧菌、彎曲桿菌屬、阪崎腸桿菌、綠膿桿菌、溶血性鏈球菌、肉毒梭菌、產氣莢膜梭菌、蠟樣芽孢桿菌、大腸埃希氏O157：H7/NM、致瀉大腸埃希氏菌、溶藻弧菌等；

其他：軍團菌、乳酸菌、罐頭食品的商業無菌、腸桿菌科、嗜滲酵母、糞鏈球菌、糞大腸菌群、腸桿菌屬、厭氧菌落總數、厭氧亞硫酸鹽還原菌、需氧嗜溫菌芽孢、厭氧嗜溫菌芽孢、嗜熱嗜酸菌、嗜熱菌落總數、白色念珠菌等；